Ekstrakurikuler Rohani Islam (ROHIS) dan keagamaan di SMA Negeri 3 Bondowoso merupakan wadah pembinaan karakter religius peserta didik melalui kegiatan yang berlandaskan nilai-nilai keimanan, ketakwaan, dan akhlakul karimah. Kegiatan ini bertujuan untuk membentuk pribadi siswa yang berakhlak mulia, berwawasan keislaman, serta mampu mengamalkan ajaran agama dalam kehidupan sehari-hari.
Berbagai kegiatan rutin dilaksanakan, seperti kajian keislaman, tadarus Al-Qur’an, pembiasaan ibadah, peringatan hari besar Islam, serta kegiatan sosial dan keagamaan yang menumbuhkan kepedulian, kebersamaan, dan toleransi antar sesama. Melalui ROHIS dan kegiatan keagamaan, siswa juga dilatih untuk memiliki jiwa kepemimpinan, sikap tanggung jawab, serta kemampuan berdakwah secara santun dan moderat.
Dengan adanya ekstrakurikuler ROHIS dan keagamaan, SMA Negeri 3 Bondowoso berkomitmen mendukung terwujudnya lingkungan sekolah yang religius, harmonis, dan berkarakter, sejalan dengan visi dan misi sekolah dalam mencetak generasi yang berprestasi, beriman, dan berakhlak mulia.